Nasce il Segretario generale che opererà "una razionalizzazione delle funzioni di coordinamento delle strutture ministeriali rafforzando l’unitarietà dell’agire amministrativo del Dicastero". La nomina del Segretario generale avverrà nei termini previsti dall'articolo 19, comma 3, del decreto legislativo 30 marzo 2001, n. 165, e cioè con un Decreto del Presidente della Repubblica, previa deliberazione del Consiglio dei Ministri, su proposta del Ministro competente.
Il Segretario generale, tra le altre cose, svolgerà l'attività di coordinamento degli interventi delle direzioni generali in caso di emergenze sanitarie internazionali e informazione al Ministro sugli interventi svolti dalle direzioni generali conseguenti a stati di crisi, anche internazionali. Se in possesso delle appropriate competenze mediche e veterinarie, inoltre, il Segretario generale svolge, nelle relazioni europee e internazionali, le funzioni di Chief Medical Officer e di Chief Veterinary Officer.
Il Decreto stabilisce un articolazione in 12 Direzioni generali. Si tratta, in particolare, di:
a) Direzione generale della prevenzione sanitaria;
b) Direzione generale della programmazione sanitaria;
c) Direzione generale delle professioni sanitarie e delle risorse umane del Servizio sanitario nazionale;
d) Direzione generale dei dispositivi medici e del servizio farmaceutico;
e) Direzione generale della ricerca e dell'innovazione in sanità;
f) Direzione generale della vigilanza sugli enti e della sicurezza delle cure;
g) Direzione generale della sanità animale e dei farmaci veterinari;
h) Direzione generale per l'igiene e la sicurezza degli alimenti e la nutrizione;
i) Direzione generale della digitalizzazione, del sistema informativo sanitario e della statistica;
l) Direzione generale degli organi collegiali per la tutela della salute;
m) Direzione generale della comunicazione e dei rapporti europei e internazionali;
n) Direzione generale del personale, dell'organizzazione e del bilancio.
L'amministrazione periferica del Ministero sarà invece articolata nei seguenti uffici di livello dirigenziale non generale, che esercitano le proprie funzioni nell'ambito delle competenze riservate allo Stato:
a) uffici di sanità marittima, aerea e di frontiera e servizi territoriali di assistenza sanitaria al personale navigante e
aeronavigante (USMAF-SASN);
b) uffici veterinari per gli adempimenti comunitari e posti di ispezione frontalieri (UVAC e UVAC-PIF).

(fonte: Ministero della Salute)