La Federazione ha raccolto numerose proteste e segnalazioni da parte di medici veterinari liberi professionisti, associazioni animaliste e proprietari di cani di tutto il territorio siciliano. I costi previsti - 20 euro per iscrizione all'anagrafe di un singolo cane, 80 euro per cucciolate superiori a tre soggetti, 10 euro per ogni variazione di proprietà o registrazione - sono considerati un ostacolo significativo alle procedure di microchippatura e registrazione, da sempre fondamentali per il controllo della popolazione canina e la tutela del benessere animale.