Il Piano Nazionale Residui viene predisposto annualmente dal Ministero della salute sulla base delle indicazioni previste dalle norme europee e viene attuato a livello locale grazie alla collaborazione delle Autorità competenti regionali e locali, degli Istituti zooprofilattici sperimentali e dei Laboratori nazionali di riferimento.
Oggetto di indagine sono i prodotti di origine animale, in cui vengono ricercate le sostanze farmacologicamente attive autorizzate nei medicinali veterinari, le sostanze vietate (come quelle ad effetto anabolizzante) e i contaminanti ambientali.